5天完成双向孟德尔随机化挑战“圆满”结束我很高兴地宣布，5天完成双向孟德尔随机化的挑战已经“圆满”结束。第五天的主要任务包括完成机制图（Figure 1）、引用添加（使用Endnote20）、添加结构性语句（如伦理、致谢、贡献、利益声明）以及论文的最后润色。虽然这篇论文完成了，但我暂时没有投稿的计划。在这个挑战中，我使用了完整的孟德尔随机化分析方法，包括以下步骤：1. 使用TwoSampleMR包进行统计分析。2. 在GWAS summary数据库中提取SNP以及对应的统计数值作为工具变量。3. 进行方向性检验：使用Steiger方向性测试或Reverse MR方法。4. 主要采用IVW方法。5. 加权中位数和MR-Egger回归作为敏感性分析。6. 使用Cochran Q评估异质性。7. 利用MR-Egger回归的截距来评估多效性和使用MRPRESSO。我分享的这些步骤和分析方法为孟德尔随机化的基础，可以帮助大家更好地理解和应用这一研究方法。 💗注：未来我计划继续分享更多关于孟德尔随机化的干货和进行论文写作的挑战。由于最近比较忙，可能会适当延长挑战的时间。感谢大家对这次挑战的关注和支持！

挑战5天完成双向孟德尔随机化，第四天进展进入挑战的第四天，我的双向孟德尔随机化论文进展顺利。今天的主要成就是完成了摘要（Abstract）、引言（Introduction）和讨论（Discussion）部分。在我的论文中，我利用了Steiger方向性测试来分析数据。具体来说，我们发现，暴露变量解释的方差明显高于结果变量（分别为0.01073299和6.288587e-05）。这种分析方法的细节可以为想要撰写类似论文的研究者提供参考。 明天将是这个挑战的最后一天。剩下的工作主要是添加引用、撰写投稿信（Cover Letter），然后准备投稿。这篇文章的难度并不高，因此我不打算专注于它的投稿，而是将精力投入到更具挑战性的项目中。但正如我所说，所有事物的学习都是从简单到困难，一旦掌握了基本逻辑，就可以应用到更多领域。 我分享的图三包含孟德尔随机化写作的权威框架和一些选题经验，希望能帮助到更多想要学习孟德尔随机化的师弟师妹们。许多人是通过我最初整理的资料开始学习孟德尔随机化的，希望大家继续努力！

挑战五天完成双向孟德尔随机化，第三天进展第三天的双向孟德尔随机化挑战相对轻松，主要任务是根据已有的图片和代码结果撰写材料和方法、结果部分。虽然双向孟德尔随机化的难度不高，但由于每天可用于写作和分析的时间有限，如果不认真对待，很可能无法成功完成挑战。 今天的写作思路如下：– 首先，使用批量代码筛选出暴露因素（结局也作为暴露进行筛选）。– 然后，找出互为因果的暴露和结局（两个表格都有对方的数据）。– 接着，选取几篇范文进行精读，使用光速阅读法。– 确定写作框架，并制作清单。– 运行MR分析，生成图片和数据。– 采用框架写作法撰写论文。– 最后，进行论文的润色和选刊投稿准备。 💗注释：对于零基础的师弟师妹来说，进行论文写作前应至少阅读50-100篇相关的孟德尔随机化论文。在确定暴露和结局后，务必通过PubMed等数据库检索，确认该主题是否已有人研究。挑战还有两天，欢迎大家加入我们的写作行列！

挑战5天完成双向孟德尔随机化！第二天进展进入双向孟德尔随机化挑战的第二天，这个任务其实相当直接。双向孟德尔随机化的核心概念在于互为因果关系的探索：即将原本的暴露因素作为结局，原本的结局因素作为暴露因素，再进行分析，从而探究是否存在双向的因果关系。要实现双向孟德尔随机化的分析，有两种主要的思路： 1. Steiger方向性检验：这涉及到在和谐化的数据之后添加特定代码，以计算结果。2. 反向MR（Reverse MR）：这是遵循TwoSampleMR的完整流程，但将暴露和结局因素对调（即，暴露变成结局，结局变成暴露），然后再进行一遍完整的TwoSampleMR分析。 我选择了Steiger检验，并将在明天的写作部分具体展示这一过程。 💗注释：实际上，任何类型的孟德尔随机化都不难掌握。目前，一篇双向孟德尔随机化能够投稿的杂志大多在3~5分区间。对于追求更高文章分数的师弟师妹们，我建议参考我之前挑战的肠道菌群和药物靶向孟德尔随机化。 一起学习，加油！对于基础较差的师弟师妹们，可以多花些时间在这上面。明天，我们将开始正式的写作部分！

开始5天完成双向孟德尔随机化挑战今年的影响因子目标已经达成，现在我准备启动新的挑战：5天内完成一篇双向孟德尔随机化论文。这次挑战的论文将分为两类：一类是指导师弟师妹们完成（我不参与投稿和作者序列），另一类则是我个人独立完成并投稿，主要针对低分段的非开放获取杂志或者影响因子超过10分/15分的开放获取杂志。短期内我不计划再有其他投稿。 今天是挑战的第一天，我的主要任务是收集信息。我检索了关键词：“Bidirectional Mendelian Randomization”，发现相关论文发表的杂志影响因子和分区都相当不错，例如J Med Virol（Q1，12.7分）和Journal of Crohns & Colitis（Q1，8.0分）。仔细查看近期发表的文章，发现类似于Gene这样的杂志，即使分区较低，也能提供3-5分的影响因子。总共有934篇相关论文，对于一个选题容易的方法来说，竞争并不激烈。毕竟，两样本孟德尔随机化的论文数量已超过8300篇，仅在过去两个月就增加了500多篇。 越来越多的研究者开始将孟德尔随机化作为一种研究方法，应用于临床研究或者meta分析中，以提高文章的分数。今天，我下载了10多篇近期发表的双向孟德尔以及一些经典高分双向孟德尔的范文进行精读，正式开始了这次的挑战！ ❤注释：此次挑战安排在非工作、考试或原定学习计划之外的时间进行，所有步骤都是即兴而来（大家可以模仿我的思路），专注于从零开始的新课题。欢迎大家继续关注我的挑战进展！

新思路=旧瓶装新酒（旧瓶指两样本MR分析，新酒：暴露或结局替换为731种免疫细胞） 前几天完成了中介孟德尔随机化的挑战，明显感受到大家对于孟德尔随机化方法兴趣下降了，但是通过孟德尔随机化学习和写作投稿完成对于SCI论文写作和投稿的学习，不失为一个好方法。今年的投稿会选低分段的非OA或者大于10分/15分两个类别的OA杂志，双向免疫细胞孟德尔明显不匹配这个投稿要求，因此我会尽快完成，然后攥写今年的课题进行。 现在开始新的挑战! 第1天:收集信息。检索关键词:“(Mendelian randomization) AND (731 Immune cell)”,2022发表1篇，2023发表6篇，2024的年底我们再次检索下今年选的课题，看下能发表多少篇。发表的杂志影响因子和分区都还不错,虽然大部分都是F系列的“水刊”，但是这种批量完成的论文，有4-7分不错了。批量完成的原因是只需要下载和处理731种免疫细胞的Gwas数据，然后和自己的疾病做MR分析即可，再根据自己跑出的阳性免疫细胞写论文即可。 总文章仅有7篇，大家只需要排除已经写过的：polycystic ovarian syndrome、systemic lupus erythematosus（中介，这篇有点扯淡，不信的话去读读：10.3389/fimmu.2023.1319127）、chronic obstructive pulmonary、COPD、SLE、schizophrenia、bone mineral density，对于一个很好选题的方法来说，其实完全没有竞争，毕竟两样本孟德尔都接近9000+篇了，离我九月份第一次更新挑战才过去几个月，增加了1000+篇发表~ 现在的趋势是把孟德尔随机化当成一种研究方法，放到临床研究或者meta分析或者Nhanse数据库分析材料里面，冲高分。 除了检索信息，我还下载了所有的免疫细胞孟德尔的范文，先精读，今天挑战就算开始啦! 💗注释:挑战时间为非工作、考试/原定学习计划时间，所有步骤都是现想(大家可以模仿我的MR分析思路，去做任意类型的MR分析)，非现有课题从选题开始！ 欢迎大家跟着我一起打卡！！！

很抱歉没能及时回复大家的留言，感谢大家的耐心等待和支持！在十二月，我有两篇文章被接收：– 一篇是行业顶尖的JMIR（一区），影响因子高达7.4，历经大修和小修终于被接收。– 另一篇是传统的二区杂志，非开放获取（OA）。鉴于我还打算继续在该杂志发表，具体杂志名称暂时保密。这是我在该杂志的第二篇接收论文。 1月，我计划至少更新18天，大致相当于两篇文章的工作量。其实我的电脑里已经有几篇待投稿的论文了。再次感谢大家的关注，希望你们也能收获更多的Accept！

先汇报第6～7天内容:完成论文剩余部分的攥写（introduction、discussion、abstract)、引用添加(Endnote20)、结构性语句添加(如伦理、致谢、贡献利益说明)、论文润色 今日分享更高维度的多中介孟德尔随机化的分析方法：1️⃣ 使用MVMR：在同一个模型中控制多个中介，精确地评估暴露的直接效应。 2️⃣ 无偏估计：确保所有暴露和中介因素的非重叠SNPs都被包括作为工具变量，让直接效应的估计无偏无误。 3️⃣ MVMR vs Two-step MR：在中介互不影响的理想状态下，MVMR和Two-step MR的间接效应估计是一致的。 4️⃣ 复杂关系下的Two-step MR：当一个中介影响另一个时，Two-step MR能同时捕捉到中介解释的关联量和相关中介-结果的量。 💗注:接下来会进行更多的论文创作相关研究挑战，会适当延长挑战时间(超级忙!!!)，同时咱们的光速科研SCI光速创作训练营也快开班啦！！！欢迎师弟师妹们跟我们一起学习！！！

肠道菌群孟德尔随机化挑战圆满结束！我很高兴地宣布，我的7天肠道菌群孟德尔随机化挑战已经顺利收官。在挑战的最后一天，我完成了以下关键任务： 1. 使用AIGC自动添加文献引用，这是一个高效的引用添加方案。2. 添加结构化语句，包括伦理声明、致谢、作者贡献和利益冲突说明。3. 自动匹配选刊，为论文找到合适的发表杂志。4. 根据目标期刊的要求进一步对论文进行润色。分享一下肠道菌群孟德尔随机化（GutMR）的核心思路：简单来说，它实际上就是一个两样本孟德尔随机化的变体，不同之处在于暴露是肠道菌群，或者以肠道菌群作为研究结局。暴露数据可以从mibiogen下载（设定p1值=1e-5），结局数据可以从IEU获取，也可以自行下载。论文撰写部分，只需精读2-3篇肠道菌群孟德尔随机化的范文，提取写作框架，根据个人研究填充内容，再进行细致修改，就能完成。 总结来说，一旦掌握了核心思路和相关代码，就可以比较轻松地获取IF3~5的成果。如果想要更高的影响因子，可以尝试模仿国外研究者的论文配图，它们通常非常精美，有助于提升论文的分数。❤注：我指导的师弟师妹们也已经完成了投稿，目标杂志的影响因子均超过10分。从撰稿到润色再到投稿，整个过程只用了3到4周的时间。