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孟德尔随机化-模板SNP表头格式说明
注意大小写要完全一致!!!注意大小写要完全一致!!!注意大小写要完全一致!!!
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SNP:rsid号(rs123456这种,没有的话查看课程中转换risd的方法)
effect allele:等位基因 A1(alt–effect allele–A1)具体要确认GWAS的数据描述,一般就是这样
other allele:次要等位基因 A2
eaf :主要等位基因频率(不一定要有,主要影响harmonise,和计算F值)
eaf=effect allele frequency = freq = alt_AF(allele frequency)
beta:beta效应值 = log(or) (别名effcet、b、beta)反正就是当前位点的效应值
(odds ratio 对应or值,可以转换成beta)
se:针对效应值的标准误(standard error)
pval:统计学p值
以上是大部分GWAS数据表头规律,正常判断需要结果数据下载时候的提供的描述确认,这个描述在下载的地方或者文章中提供,一般是readme文件,请确认好。
总之,表头不能靠猜。
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