孟德尔随机化-各个方法的参数说明

MendelR包的各种方法,里面共同的参数定义说明:

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p1  挑选与暴露相关的SNP 默认 5e-8(不要大于1e-5)
p2  过滤与结局相关的SNP 默认 5e-5
rm_snps 过滤混杂 F值 离群值 需要去除的SNP
run_presso 是否打开MRPRESSO分析
r2 连锁不平衡 (不要大于0.3,越大越宽松)
kb 连锁不平衡(不要小于100,越小越宽松)
local_clump 是否打开本地clump

关于T和F的取值,就相当于是或否的意思,即代表一个开关
T=TRUE
F=FALSE
跑mr分析最好保持默认的条件,最严格的筛选显著的p值,以及去除连锁不平衡
需要放宽的,一般是没有足够的snp,做不了mr分析,这时候要去放大p1值,纳入更多的暴露工具变量,适当调整r2和kb,减少连锁不平衡去除的snp
优先级p1>r2=kb>p2
如果是阴性结果,我们要求选题必须要有明确的临床意义,去讨论结果,以及要把文章写好,否则直接舍弃

怎么加参数?
增加参数格式,参数名=具体数值,如果是字符串(非纯数字类型),则需要增加双引号。

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