不费🧠学生信｜火山图怎么看❓

文献中很常见的“火山图”怎么看？

1.坐标轴：横轴是log2（Fold change），显示差异倍数（FC），点越偏离中心，表示差异倍数越大；纵轴是-log 10（adj.p-value），显示显著性，点越靠图的顶部，表示差异越显著；
2.点：图中每个点代表一个检测到的基因（或蛋白、代谢物等），图中这些点分别具有不同颜色，颜色的意义可以参考图片右侧的图例：UP：差异显著且上调的基因DOWN：差异显著且下调的基因NOT：差异不显著的基因。
3.差异基因筛选阈值设置：根据差异倍数（fold change）和显著性（P-value）设定差异基因的筛选阈值。
p-value：表示某个基因在分组之间的表达是否差异显著，一般认为p-value<0.05为显著。
Adjusted p-value：即经过统计学方法校正后的p-value，由于统计学上常用的校正方法包括”BH”、”FDR”等，所以在一些文章中，我们也会看到筛选差异基因的阈值是FDR<0.05。p值越小差异越显著，但直接用adjusted p-value画图的话点会集中在底部不美观，而-log 10（adjusted p-value）转换后正好是反了过来，数值越大越显著，而且以10为底很容易换算回去，做出的图比较美观。
Fold Change：表示两个分组之间的差异倍数，其绝对值越大说明某基因在两组之间的表达差异也越大。该值为正时，表示差异上调；该值为负时，表示差异下调。画图时，一般转换为log2FoldChange，使展示更直观。
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