TCGA 生信挖掘必备的数据库之GEPIA

GEPIA是一种新开发的交互式网站，使用标准流程分析来自TCGA和GTEx项目的9736个肿瘤和8587个正常样本的RNA 测序表达数据。
GEPIA无需edu后缀的邮箱注册，直接登录即可，门槛相当低，任何人都可以免费使用；
操作也非常简单，通过点点点就可以进行综合全面的分析；
非常适合生信分析入门

GEPIA 数据库的主要功能:
1.单基因分析，差异分析，与肿瘤分期的相关性，生存分析和相似基因。2.肿瘤类型分析，包括筛选与肿瘤关系、影响生存最密切的基因。3.多基因分析，包括基因表达的相关性和降维分析等
4.免疫细胞类型分析，用于探究肿瘤的免疫浸润分析。
GEPIA 数据分析平台可分为三大模块:
肿瘤类型分析(Cancer Type Analysis) ，适于筛选具有表达差异或者生存差异的基因，有两种分析;
2单基因分析(Single Gene Analysis) ，适于基因确定情况下的生信分析，包
括散点图，生存等共五种分析;
3多基因分析 (Multiple Gene Analysis)，适于多基因综合分析，包括多基因对比、相关分析和 PCA 分析三种情况。
差异表达和生存分析是生信分析的核心，那么，我们如何用 GEPIA 进行生存差异基因的筛选呢?

用 GEPIA 快速筛选差异表达的基因
进入 GEPIA 主页-点击 Cancer Type Analysis-选择差异基因 (DifferentialGenes)-选择待研究的肿瘤类型
Fold-change 和 g-value 不需要更改差异统计按照网页提供的 ANOVA 即可表达类型选择 Over-expressed。

如果选择 List 形式，出来的是三线表。
根据三线表的结果，筛选到符合条件的基因会按照差异变化的程度按照顺路列出。这样，特定肿瘤中的差异表达基因就完成了，然而这些基因只具有表达差异，是否影响生存，需要我们再进行分析后续分析的代码可私信师兄哦