挑战7天光速完成一篇NHANES,Day 2!
挑战的第二天,我们的主要任务是深入了解NHANES数据库的结构并进行数据提取。无论是NHANES、MIMIC还是eICU,掌握数据库的存储结构是利用这些公开数据库的第一步。
NHANES数据库的特点:
1. 数据获取简单:在“数据为王”的时代,NHANES数据库的这一特点显得尤为重要。一旦了解了数据结构,数据清洗也会变得更加容易。
2. 数据周期性:NHANES数据库每两年进行一次调查并上传数据,每个周期包括人口统计学、饮食数据、体格检查、实验室数据、问卷调查和Limited Access Data。其中,Limited Access Data需要申请使用,但前五个板块的数据已经足够我们发表相关的SCI文章。
3. 数据文件:每个周期的数据集都包含Doc File和Data File。Doc File提供了数据集的基本介绍,如每一列指标的含义、测量方法及数据中的编码说明。Data File则是实际的数据文件,可以通过R或SPSS等工具打开。
数据提取示例:
以我关注的TyG指标为例,TyG是一个复合指标,计算公式为\[ \text{TyG} = \ln(\text{TG (mg/dL)} \times \text{FBG (mg/dL)} / 2) \]。我需要从实验室数据中下载TG(甘油三酯)和FBG(空腹血糖)数据,然后通过上述公式进行计算。
数据提取策略:
1. 下载Doc File:首先查看并下载Lab Data的Doc File,了解TG和FBG数据的具体信息。
2. 下载Data File:随后下载相应的Data File,利用R或SPSS打开并提取所需数据。
3. 数据预处理:将下载的数据进行预处理,如数据清洗、缺失值处理等,为后续分析做好准备。
提前下载所有数据:
为了提高后续研究的效率,我提前将NHANES中所有周期的所有数据下载到本地。这样,后续的数据提取就可以直接通过代码进行,极大地提高了工作效率。
今天的分享就到这里,希望这些内容能帮助大家更好地理解和利用NHANES数据库。明天,我们将继续深入探索数据,为完成挑战做好准备!