1区Top文章解读：“蛋白质组学+转录组学+孟德尔随机化+贝叶斯共定位分析” 大集合

文章题目：Identifying novel risk genes in intracranial aneurysm by integrating human proteomes and genetics

DOI：10.1093/brain/awae111

中文标题：通过整合人类蛋白质组和遗传学识别脑内的动脉瘤中的新风险基因

发表杂志：Brain

影响因子：1区，IF=10.6

发表时间：2024年8月

今天给大家分享一篇在2024年8月发表在《BRAIN》（1区，IF=10.6）的文章。本文这项研究利用了人类蛋白质组、遗传学和转录组数据，探讨了颅内动脉瘤（IA）的新风险基因。

研究背景：颅内动脉瘤（IA）是颅内动脉局部的球状扩张，通常位于动脉分叉处。在普通人群中，其患病率估计为2%-3%。IA的破裂会导致蛛网膜下腔出血（aSAH），这是一种严重的中风类型，给健康带来了重大负担。尽管医学进步使得IA的治疗方法有所改进，但IA的手术治疗仍然是侵入性的，并且可能存在并发症。IA的发病机制尚未完全明了，因此需要深入研究以探索新的非侵入性治疗方法。

数据来源：人类大脑蛋白质丰度数据来源于宗氏宗教团体研究/记忆与衰老项目（ROS/MAP）的背外侧前额叶皮层（dPFC）的死后脑组织。人类大脑蛋白质丰度确认数据来源于Banner Sun Health Research Institute招募的参与者的dPFC的死后脑样本。人类血浆蛋白质组数据来源于动脉粥样硬化风险社区（ARIC）研究中的大型欧洲队列的血浆蛋白质组的顺式遗传调控分析。人类多组织转录组数据通过GTEx v.8的稀疏典型相关分析（sCCA）特征1-3整合了49种组织的信息。颅内动脉瘤的GWAS数据包括23个队列中的7495例病例和71934名欧洲血统的对照。人类IA的大量RNA测序或阵列数据从GEO数据库中获得。

研究方法：利用FUSION软件估计ROS/MAP、Banner和ARIC的蛋白质组和遗传数据的蛋白质权重。采用MR分析验证PWAS显著基因是否通过顺式调控的蛋白质丰度与IA相关。进行贝叶斯共定位分析，以调查蛋白质和表型之间的遗传关联是否共享相同的因果变异。使用TWAS-FUSION估计预测的基因表达和IA的TWAS统计数据。对PWAS数据集中鉴定的风险基因进行基因共表达网络分析，并进行GSEA以展示与每个基因相关的显著生物学功能和途径。

结果：

Tables&Figures

结果解读：在大脑中，PWAS鉴定出CNNM2、GPRIN3、UFL1、ISLR和ISLR2五个基因的蛋白质丰度与IA相关。细胞富集分析显示，这些基因主要在内皮细胞、成纤维细胞和血管平滑肌细胞中表达。通过MR和贝叶斯共定位分析，CNNM2、GPRIN3和UFL1三个基因被认为是IA的潜在风险基因。通过TWAS和IA大量RNA测序数据分析，进一步验证了这些基因的表达差异。

结论：本研究发现了三个与IA相关的新脑基因（CNNM2、GPRIN3和UFL1），其中CNNM2与IA破裂相关。这些发现为IA形成背后的潜在机制提供了信息，为未来研究可能的机制和治疗靶点提供了新的线索。

课题思路这不就来了么？万层高楼平底起，一起加油呀！