稳啦!🌞花2小时,理清2025生信学习清单

[星R]2025年想要学会生信分析的医学生/医生,先将这句话听进去:

不建议盲目开始学,生信分析不是学到极致,而是要会用,带着需求与目的去学,事半功倍。

我拿英语举例子更好理解,大家都要学英语,学习英语的目的是为了帮助我们更好交流,而不是专门研究语言学,也不会将每个单词的来龙去脉都搞清楚。

说到底,无论是生信分析还是R语言,本质都是和英语一样,是工具。

前者帮我们解决临床问题,后者帮我们实现分析。

🎯回到具体问题上来,首先是学什么?

1️⃣翻一下你所在课题组几年之内发表过的文章,看看其中有没有涉及到生物信息的部分。如果有,那么这个方向说不定是你们课题组、以及你之后的课题会用到的。

2️⃣看看你研究领域的大佬,他们的文章是不是也有相关内容。有,则方向就有了。如果这些大佬们很少做相关课题,那么可能你这个领域涉及到生信比较少,也许不具备学习的意义。

🎯怎么学?

1️⃣根据之前的文献调研,仔细阅读那些文献。对于临床医学而言,生物信息主要为其服务。那么,首先就要搞懂相关文献的结果如何说明问题,怎么说明问题。毕竟,医学的方向你很熟。

即便以后不学习生物信息,搞懂生信想说明的问题,也对你以后阅读文献、设计实验有帮助。

2️⃣质量高,作者nice的文献,一般都会挂出来原始数据和github上代码的链接。尝试复现该文献中生物信息的结果。顺利复现几篇文章后,就可以说是入门了。

3️⃣在自己的课题中,想想有没有相关的部分需要生物信息的支特。可以自己做,也可以直接交给测序公司。但是这其中的原理你要懂,具体的步骤、软件你要知道,毕竟这部分最终要写到科研文章中。

4️⃣多阅读相关文献,扩展视野,随时记录、思考有没有相关技术可以用到自己的课题中,相关技术的劣势是什么。持续保持接收新的生信信息,并且多多去实践各种生信分析方法。

[斜眼R]但是如果你时间不充裕、学习能力一般、没有氛围就容易放弃,资金不是那么紧张的情况下,那还是建议你报一个性价比高的机构,专人指导你会更好。

时间成本其实是蕞大的成本!

2025年想要学会生信分析的医学生/医生,先将这句话听进去:

不建议盲目开始学,生信分析不是学到极致,而是会用,带着需求与目的去学,事半功倍。

我拿英语举例子更好理解,大家都要学英语,学习英语的目的是为了帮助我们更好交流,而不是专门研究语言学,也不会将每个单词的来龙去脉都搞清楚。

说到底,无论是生信分析还是R语言,本质都是和英语一样,是工具。

前者帮我们解决临床问题,后者帮我们实现分析。
你只需要挑选一个在工作上能用到的方向,有目的的学习即可。


💡 回到具体问题上来,首先是学什么?

1️⃣ 翻一下你所在课题组几年之内发表过的文章,看看其中有没有涉及到生物信息的部分。如果有,那么这个方向说不定是你们课题组,以及你之后的课题会用到的。

接下来你就可以从这个方向开始学,先去了解下这个文章的生物信息部分是谁做的,加上联系方式,若有不懂的地方可以问她/他。(怎么沟通人家愿意理你,自己学习)

0基础入门生信会是个坎儿,有人能够在你卡住的时候解疑答惑,这点非常重要!不要觉得提问羞耻。

2️⃣ 如果没有找到生信相关的内容,可以看看你研究领域的大佬,他们的文章是不是也有相关内容。有,则方向就有了。如果这些大佬们很少做相关课题,那么可能这个领域涉及到生信比较少,也许不具备学习的意义。

但,生信分析能教会你如何利用它可以帮你懂得如何利用大数据,如何分析自己的数据,从另一个角度来说,生信技能总归是对你以后科研有帮助,如果有时间,多学一项技能无疑是你求职的加分项。


💡 怎么学?

1️⃣ 根据之前的文献调研,仔细阅读那些文献。对于临床医学生而言,生物信息主要为其服务。 那么,首先要搞懂相关文献的结果如何说明问题,怎么说明问题。毕竟,医学的方向你很熟。

即便以后不学习生物信息,搞懂生信想说明的问题,也对你以后阅读文献、设计实验有帮助。

2️⃣ 质量高,作者nice的文献,一般都会挂出来原始数据和github上的代码链接。

编程语言的学习,选择R或者python,看你学哪个顺手,买一本入门书籍,先搞定基本语法。然后结合你在github上找到的代码和数据,在文章中Method部分,找到分析的详细说明,尝试复现该文献中生物信息的结果。

需要提醒的是,有些步骤,比如单细胞数据处理、比对(mapping)和组装(assembly)等,需要较大计算资源,自己电脑性能不好,或者没有服务器,不建议试试。

可以从小中间结果入手。在复现结果过程中,一定会遇到各种问题,如果你身边没有人手把手指导,那么就学会如何高效的在网上向人提问。

顺利复现几篇文章后,就可以说是入门了。之后有机会,再把一些耗资源较大的步骤补充上。从原始下机数据(一般fastq),一直到最终结果都复现出来。

3️⃣ 在自己的课题中,想想有没有相关的部分需要生物信息的支持。可以自己做,也可以直接交给测序公司。

但是这其中的原理你要懂,具体的步骤、软件你要知道,毕竟这部分最终要写到科研文章中。

你得按照测序公司给的步骤和各种中间结果,去重复整合分析,然后和他们沟通,随时校正结果。这样,你就会有个轮廓。

因为生信的结果不会完全呈现在文章中,当有了整体的轮廓,你遇到问题再自己做,会更方便。


4️⃣ 多阅读相关文献,扩展视野,随时记录、思考有没有相关技术可以用到自己的课题中,相关技术的趋势是什么。持续保持接收新的生信信息,并且多多去实践各种生信分析方法。

学习能力比较强,自律性也比较强,并且时间充裕的同学可以从以上4个方向去考虑学习生信分析。


但是如果你时间不充裕,学习能力一般,没有氛围就容易放弃,资金不是那么紧张的情况下,那还是建议你报一个性价比高的机构,专人指导你会更好。

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