生信分析越难的时候,越要尝试野路子❗❗

[火R]医学生学习生信分析越难,越需要的野路子:

医学⽣为什么值得花精⼒学习⽣信分析?

明⽩⾃⼰为什么出发,才不会半路放弃。

绝⼤部分同学学习⽣信分析是为了快速发表⼀篇SCI,问过上千学⽣,听到的都是这个答案。

事实证明⼤家对医学⽣为什么学习⽣信分析的认知是不⾜的,仅停留在当前需求。当 然,这也和⽬前市⾯上各⼤机构的宣传有关,⼤家都强调“好发⽂章”,很少有⼈给你讲,学习⽣信分析还有更⻑远的效益。

举⼀个最简单的例⼦,爱迪⽣发明电灯做了数千次实验才成功。但有了⽣信分析后,现 在可以模拟数千种实验情况,给出最有⼏率成功的前10种材料,极⼤地减少了实验的时间 和费用。

⽣信分析在科研中的优势显⽽易见,就这么说吧,你可以把⽣信分析理解为像英⽂⼀样的⼯具,它能为你以后的科研添砖加瓦!

此外,⽣信分析还可以帮助你更好地理解基因和蛋⽩质的功能及其在疾病发⽣发 展中的作⽤,它同样也能为临床助⼒!


学习⽣信分析前没有⼈告诉你的避坑认知

  1. 什么时候开始学习⽣信都不晚,只要⽅法对。另外,⽣信离不开湿实验,⽣信作为⼯具,最重要的是解决问题,⽽不是学到极致。
  2. 前期不需要花太多时间学习编程,⼤概了解⼊⻔编程语⾔的语法基本函数就好,后面做项⽬的时候再⼀点点学。重要的是学完后配合⼀些实操案例,⽐如在tcga下载数据集后⽤R转化成⼆维表,再进⾏差异、富集等相关的计算和绘图。
  3. 读⽂献很重要,但是在初期,不要⼀开始就硬啃,结合课 程学习,逐步深⼊。
  4. 虽然有很多⼤神分享教程,但不是⼀定适合你,多花点时间找到听得懂的教程。最 好是能讲原理的教程,学会改错,培养解决问题的能⼒。
  5. 跟着教程学习,不是让你纯看视频,⼀定要结合实践学,⾃⼰动⼿处理数据,理解每⼀句代码的意思。

⽣信分析⼊⻔的6个基础分析

✅ 数据下载及预处理
✅ 筛选疾病相关的差异表达分⼦
✅ 基因注释与功能分类
✅ 构建分⼦互作⽹络
✅ 从差异表达分⼦中筛选关键基因
✅ 分析关键基因与临床特征/预后的关联

以上是最基础也是最简单的⽣信分析,刚接触⽣信分析的⼩伙伴可以从这⼏个分析⼊⼿。为了让⼤家更直观了解这⼏个基础分析, 我们举个例⼦👇

🎯 第1步,作者⾸先从GEO数据库中下载两个卵巢癌的基因芯⽚数据,对其进⾏差异分析,获得540个差异表达基因。

🎯 第2步,对差异表达基因进⾏功能富集分析。

🎯 第3步,筛选出10个核心基因并构建蛋白互作网络。

🎯 第4步,评估核心基因不同表达分组卵巢癌样本与总体生存期之间的关联。

🎯 第5步,通过 Human Protein Atlas 验证核心基因的蛋白表达水平。

整篇文章的结果就是这5个点,总的来说就是筛选差异分子、功能注释、构建互作网络、预测临床意义、验证。

看到这里是不是觉得生信分析挺简单的,其实生信分析远不止这些。如果你想培养自己用生信分析解决问题的能力,最好直接参与实践,在实践中遇到问题解决问题,才能灵活应用!

如果你身边没有合适的生信课题组,也没有大佬手把手带你,不妨了解了解 统计之光 的生信分析一对一指导,多年生信教学经验的老师为你定制教学内容,从0开始带你将一个全新生信选题落地,边学边实践,效率拉满!

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *