生信分析Q&A🌟你们好奇的都在这!

[打卡R]想要入门生信分析的医学生们,刚开始会有超级多的疑问,大多数人会徘徊在学还是不学呢??

小光挑选了被问爆了的4个问题,专门做一期生信分析Q&A

主要问题有

生信分析已经火了这么多年了,我现在开始学是不是已经跟不上了?还有学的必要吗?

现在开始学习生信,只能说明我们接触生信的时间晚而已,但不代表没有优势。首先,生信经过多年发展,已经有了成熟的体系,一个新事物发展过程中需要探索的时间,前面的人已经代替我们付出了。就像我们都知道1+1=2,但前面的证明我们并不参与,我们现在只需要用就可以。

其次,我们的生信学习可以建立在众多人经验之上,这无形中加快了学习的脚步,以前别人需要2个月探索所掌握的知识,我们现在只需要1周甚至更短时间就可以掌握,这就是用别人的经验抵消了我们的时间成本。

大多数人学生信可能是为了跟前快速发表一篇SCI,它更长远的好处其实你现在还看不到,不管你以后专注于搞临床还是搞科研,生信分析都是一项通用的加分技能!无论何时都值得医学生投入精力学习!


学习生信分析最重要的是什么?我按照别人的方法,学会KM曲线这些是不是就够了呢?

在科研中无论是生信分析、Meta分析、文献综述或者实验研究等不同的科研类型,其核心点均指向同一个关键维度——思路。

这种系统性思维的形成,本质来源于研究者的3重积累:①领域知识储备 ②文献研读深度 ③在该领域的实践经验沉淀。比如某个实验设计,有经验的人很快会知道怎么做,迅速匹配其背后的实验图谱。

生信分析也是如此,要么有一定的实践基础,要么有很好的理论基础,我们才能独立地提出一个比较好的思路。

学会怎么做KM曲线,其实就是学会了如何可视化数据,只涉及操作。对于初学者来说,往往会有懂操作就拥有了全世界的错觉。思路和操作,类似于将帅和士卒,指挥与执行。但是,哪个元帅不是士兵过来的?大量的实践才是王道!


纯生信听说现在很难发,要怎么补实验呢?难度大吗?

生信分析过了发展的风口,纯生信目前确实发表困难,多数期刊也会对无验证的生信稿件直接拒稿,所以有条件的话还是建议补点验证实验。

但不用怕,生信分析所涉及的实验,也多数是我们能接触到的那些基础实验,比如MTT、流式、划痕等,在实验的性质上并不割裂。

生信其实更多程度上是我们实验类研究的一个前期基础,会告诉我们为什么要做MTT,为什么要实验验证转移之类的,会给我们一个论据。

SLC3A2, as an indirect target gene of ALDH2, exacerbates alcohol-associated liver cancer via the sphingolipid biosynthesis pathway

这篇生信文章就是干湿结合的典型文章

实验验证部分:体内外实验结合,利用转基因小鼠模型、细胞培养及多种检测技术,全面验证ALDH2和SLC3A2在酒精性肝癌中的作用。


从0开始学习生信到发表,需要多久?

生信分析从学到发表,涉及到5个环节:思路设计、数据分析、撰稿成文、投稿审核、校对发表。

前3部分都是在于学习者本身,思路设计与学习者本身的科研思维以及生信学习基础有关,设计一个好的idea需要的基础更不言而喻;数据分析取决于学习者是否有一定的统计分析能力和数据解读能力;撰稿成文涉及到学习者的逻辑能力、表达能力,以及英语水平。

如果你自己自学比较困难,不妨找统计之光的生信老师指导您。统计之光能协助您顺利完成所有环节。一般来说,有老师带,自己努力学的情况下:

研究思路设计(大概3-6周)
数据挖掘(大概1-2周)
数据清洗和整理(大概1-3个月)
数据分析(大概1-2个月)
SCI写作(1个月左右)

发表时间由所选择的期刊决定,这个时间无法确定。成稿总共耗时4-7个月。

[太阳R]其实医学科研中无论是生信分析、Meta分析、文献综述或者实验研究等不同的科研类型,其核心点均指向同一个关键维度——思路。

这种系统性思维的形成,本质来源于研究者的3重积累:①领域知识储备②文献研读深度③在该领域的实践经验沉淀。

生信分析也是如此,要么有一定的实践基础,要么有很好的理论基础,我们才能独立地提出一个比较好的思路。

[火R]思路和操作,类似于将帅和士卒,指导与执行。但是,哪个元帅不是士兵过来的?大量的实践才是王道!

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