吃透这6张纸，你的生信分析就很牛了！🐮

都说走过最长的路就是套路，在生信研究里大家一起走过的路也就各种套路的集合。

生信研究的套路可以相互组合叠加从而发展出更新更全面的新套路。

我们平时如何能创新套路呢？

教大家一个实用的心法，带着以下六个方面的问题在生信文献库中学习调研：

表型报道：在想要研究的疾病中有哪些表型报道？

相关基因：在表型的基因列表中有哪些基因？

套路汇总：在本疾病中有哪些相关的生信文章发表？

数据集信息汇总：在本疾病的研究中有哪些可以使用的数据集？

高分热点：本疾病有哪些高分文章发表？研究的热点在哪里？

思路借鉴：其他疾病有哪些高分热点文章？这个思路是否适用于自己的研究？

在学习调研的过程中，要标注所有知识点的文献来源，便于回溯以及在标书或者文章中引用。

此外，还要注重整理，标记好文章的的影响因子和套路类型，便于自己能力的提升。

一、生信研究的关键问题

1️⃣ 理解本质：我们做生信研究，究竟在研究什么？
2️⃣ 课题拆解：如何拆解我的科研假设？
3️⃣ 提炼重点：课题设计的重点、逻辑链条和创新点是什么？
4️⃣ 高效验证：如何性价比最高的验证你的生信结论？

二、生信研究的套路主要依靠以下三步提炼

✅ 建立文献筛选模型：梳理提炼文献——找规律、作总结、筛选模型提炼关键词
✅ 批量做加法：根据关键词下载大量文献，建立对SCI文章的审美
✅ 专业做减法：提炼总结共性规律和个性化差异，构建知识树

三、生信研究中的套路

四种基本套路
a. 非肿瘤生信研究套路
b. 肿瘤单基因生信研究套路
c. 单基因泛癌生信研究套路
d. 临床预测模型生信研究套路

此外，还有ceRNA套路和表型套路等多种新型套路。

非肿瘤研究

非肿瘤疾病研究其实是很多肿瘤方向的研究者重点关注的方向，疾病选择非常广，比如糖尿病、子宫内膜异位症，一些心理疾病甚至牙科疾病等都可以做。

高分潜力与疾病选择挂钩，如果你选择的疾病比较罕见，过往研究比较少，那么会有很大潜力可以发到比较高的分数，其套路也在一定程度上具有泛用性。对于非肿瘤疾病的生信研究，我们先从其与肿瘤研究之间的区别入手。

📖 推荐阅读文献：
《Classification of tuberculosis-related programmed cell death-related patient subgroups and associated immune cell profiling》
🔹 文章主要对结核患者进行程序性细胞死亡相关的分类，并关联了免疫细胞分析。
🔹 本文一共15张figure，除了Figure 14是利用临床样本进行了PCR验证，其余均是生信分析的结果。
🔹 从这篇非肿瘤生信文献中，你可以学到完整的疾病研究思路。

单基因研究

不同的生信文章会有一定数量的组合，单基因套路是最简单的生信研究套路，也被称为性价比最高的生信套路。

但是发表单基因-纯生信的文章并不容易，主要是因为功能强大的基因早就被研究过了，甚至被研究得非常透彻。
⚠ 如果能够结合湿实验，发表会相对容易。

📖 推荐文献：
《Novel prognostic biomarker TBC1D1 is associated with immunotherapy resistance in gliomas》

这篇基于公共数据在胶质瘤中筛选到一个关键基因（TBC1D1），该基因可作为胶质瘤预后标志物，且可能降低肿瘤免疫治疗的有效性。通过靶向TBC1D1可增强免疫治疗疗效，提高患者预后，贴合临床价值。

单基因不加大量湿实验很难发了，这篇文章注重生信分析思路，轻湿实验，非常值得我们学习借鉴。

单基因泛癌

单基因泛癌是手握一个基因，在33种癌症里，筛选这个基因有意义的癌种。
最后一般是筛选出少于三种癌种。所以不管是影像科、病理科这种没有明确癌种要求，或者是最后还是有一个想要聚焦研究的癌种的课题，都是可以选择泛癌套路的。而且图表工作量大，所以发高分的潜力大。

📖 推荐文献：
《A comprehensive prognostic and immunological implications of PFKP in pan-cancer》

本论文应用“单基因泛癌分析”思路，在33种癌症数据集中进行分析PFKP基因。

肿瘤中常见的**“免疫浸润”、“单细胞”、“标记物”**等都包含在内。
虽然借助了点简单的体外验证实验，不算是纯生信，但8张图能发到2区5.3分，在肿瘤领域已经是性价比很高了。

四、生信研究套路的创新性

梳理盲区

✅ a. 专业盲区-纵向思维：确认既研究的疾病有哪些模型。
✅ b. 模式盲区-横向思维：确认表型研究的框架模式和模式的共性以及常规分析方法。
✅ c. 能力盲区-内部能力：确认自己学会了图表分析，如何用零代码或者R语言的方式分析结果。

带着以下六个方面的问题在文献库中学习调研：

1️⃣ 表型报道：在想要研究的疾病中有哪些表型报道？
2️⃣ 相关基因：在表型的基因列表中有哪些基因？
3️⃣ 套路汇总：在本疾病中有哪些相关的生信文章发表？
4️⃣ 数据集信息汇总：在本疾病的研究中有哪些可以使用的数据集？
5️⃣ 高分热点：本疾病有哪些高分文章发表？研究的热点在哪里？
6️⃣ 思路借鉴：其他疾病有哪些高分热点文章？这个思路是否适用于自己的研究？

在学习调研的过程中，要标注所有知识点的文献来源，便于回溯以及在标书或者文章中引用。

此外，还要注意整理，标记好文章的影响因子和套路类型，便于自己能力的提升。都说走过最长的路就是套路，在生信研究里大家一起走过的路也就是上面这些套路的集合。生信研究的套路也可以相互组合叠加从而发展出更新更全面的新套路。