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组学简介

生物信息学中的“组学”是指以高通量、高灵敏度的实验技术为基础,系统性、全局性地获取并研究生物体在不同生命层次上所产生的大规模数据的交叉学科。

它强调的是在整体层面上对生物分子进行全面描绘,从而揭示生命活动的本质规律。随着技术的发展,组学研究已从传统的单一分子层次研究,拓展至多层次、多维度的系统生物学研究。

每一种“组学”代表着对生命系统不同维度的深入探讨,并通过多角度、多时间点、多空间层次的数据获取与整合,反映生物体内复杂的分子调控网络与生理状态。


1️⃣ 基因组学

基因组学(Genomics)是组学研究的基础,致力于揭示生物体全基因组DNA序列的组成、结构、功能及其变异与进化规律。它不仅包括对基因结构(如编码区、启动子等)的解析,还涉及对染色体变异(如CNV、SNP等)的识别、全基因组关联分析(GWAS)的开展,群体与比较基因组研究的拓展,以及新兴的单细胞基因组学的应用。


2️⃣ 转录组学

转录组学(Transcriptomics)则进一步从基因表达角度出发,研究在不同时问、空间或生理条件下,细胞中所有RNA分子的表达情况,包括mRNA、lncRNA、miRNA、circRNA等。

它能揭示基因的活跃程度、转录起始与剪接机制,并通过单细胞转录组、时序与空间转录组等技术深入揭示组织或器官中不同细胞类型的表达特征及其动态变化。


3️⃣ 蛋白质组学

蛋白质组学(Proteomics)作为连接基因与表型之间的重要桥梁,研究的是细胞、组织或机体中所有蛋白质的种类、表达水平、翻译后修饰(如磷酸化、乙酰化等)、亚细胞定位及相互作用网络(PPI),从而揭示蛋白质在不同生理或病理状态下的功能变化。


4️⃣ 代谢组学

代谢组学(Metabolomics)专注于研究小分子代谢产物的种类与含量,反映细胞当前的生理代谢状态。通过靶向与非靶向代谢分析、代谢流追踪与通路整合,代谢组学不仅可以用于疾病标志物筛选,还能揭示代谢途径的动态调控机制。


5️⃣ 表观基因组学

表观基因组学(Epigenomics)则研究不改变DNA序列本身但能调控基因表达的可逆性修饰,如DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质开放性(ATAC-seq、DNase-seq)和空间构象(如Hi-C)等。表观遗传的变化在细胞分化、肿瘤发生及环境适应等过程中扮演重要角色。


6️⃣ 微生物组学

微生物组学(Microbiomics)通过16S rRNA测序、宏基因组(Metagenomics)、宏转录组(Metatranscriptomics)及宏代谢组等手段,全面研究宿主或环境中微生物的组成、功能、代谢产物及其与宿主的相互作用,广泛应用于肠道健康、免疫调节和疾病诊断中。


7️⃣ 单细胞组学

随着对单细胞层次研究的重视,单细胞组学(Single-cell Omics)应运而生,通过如scRNA-seq、scATAC-seq、CITE-seq、空间转录组等技术,能够捕捉细胞之间的异质性,揭示组织发育、肿瘤微环境和免疫反应等复杂过程中细胞动态和分子机制。


8️⃣ 多组学整合

在此基础上,多组学整合(Multi-omics Integration)成为研究生命系统不可或缺的趋势。它通过将基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、表观组等多个层次的数据进行整合分析,借助WGCNA、多组学网络构建及AI/机器学习等方法,建立系统调控模型,实现对生命过程更全面、精准的解析。


综上所述,生物信息学中的各类组学技术如同从不同视角观察生命体的“显微镜”,它们相辅相成、互为补充,共同构建出一个多维、动态、精准的生命图谱,为阐明复杂疾病机制、开发精准治疗方案及推动个体化医学的发展提供了坚实的基础和广阔的前景。

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