生信分析其实挺水的…

个人情况介绍

双非医学研究生，研一0基础入门生信分析，研二发表了2篇生信SCI，毕业压力小了很多！！

我的导师很忙，基本就不见着面，本人科研基础也几乎没有，刚开始也是很焦虑，盲目地学，没什么起色。后来一个学长让我别想什么高大上的东西，踏踏实实选一个自己能够着的发文方法，先把小论文解决了，于是我才开始死磕生信分析。

我感觉我的经验蛮适合0基础的，希望能帮到大家。

浅说一下生信分析能力猛涨的小tips

其实很多东西都是通用的，包括我后来Meta分析的学习，公共数据库的学习经历都是差不多的。

一、看文献（很重要）

① 了解套路

首先我觉得最重要的其实就是阅读文献，当阅读文献的时候，你会发现生信分析的文章很多都是很常规的套路。你就会了解到生信分析的文章走向是啥，整个过程是什么样的，各部分需要做出什么样的结果。

② 赋选题材灵感

其次就是阅读文献可以给人以灵感，有助于选题的产生。从文献中找思路和套路，模仿它，超越它。

✅ 对照

如果别人做的是tumor vs normal（肿瘤癌VS正常基因集比较）差异分析，你可以根据免疫评分的做差异分析，例如high vs low。对应还有疾病轻重程度；不同亚型之间的差异等等，换个比较分析条件~

✅ 疾病多样

多关注疾病亚型，肿瘤与非肿瘤之间，双疾病之间等等多样的疾病类型。

例如有人做了乳腺癌的细胞焦亡生信，你你去关注一下三阴性乳腺癌，做下该疾病的生信分析，或者重点关注早期或者晚期的癌症。别拘泥于一种疾病，多多看它的亚型！

比如23年很火的双疾病，非肿瘤与非肿瘤之间，也有非肿瘤和肿瘤之间。

Gene crosstalk between COVID-19 and preeclampsia revealed by blood transcriptome analysis

Exploration of potential shared gene signatures between periodontitis and multiple sclerosis

Erli Wu 1, Ming Cheng 1, Xinjiang Zhang 1, Tiangang Wu 1, Shuyan Sheng 2, Mengfei Sheng 3, Ling Wei 4, Lei Zhang 5, Wei Shao 6

✅ 热点

及时换研究热点。

例如，有人做铁死亡的生信，你做细胞焦亡，如果细胞焦亡也有人做了，那就换成没有人做过的坏死性凋亡、双硫死亡或者其他热点，选题创新点很重要。

③ 学习如何进行研究设计

如何设计自己的课题，也是看文献。通过阅读发表的文章，就可以根据自己的选题去模仿别人的文章进行研究设计，亦或者取其精华，去其糟粕。

二、通过利用各种不同途径查找资料，解决疑难

选题确定好，研究设计好，接下来就是实操了！

一句话：兵来将挡水来土掩。

这个环节很考验自己解决问题的能力，有很多东西需要靠自己去悟。

比如说你想要了解差异分析，通过文献你可能有一个宏观的感知，知道这个环节是在干嘛，但是怎么实现的你需要进一步找资料。

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备忘录

有以下途径可以帮助你：

① 各大自媒体平台

现在生信分析的很多步骤都能在网上找到，有的讲得还蛮详细的，只要不是太小众的问题，80%都能通过搜索解决。

注：有时候需要自己不断调整搜索的关键词，之前碰到过，有一次有个师弟搜某个东西，一直没能查出来，调整了描述的关键词后就可以查出来了。

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备忘录

② chatgpt等大语言模型：

随着OpenAI迅速崛起。这些大语言模型能的能解决很多问题，不过输出的内容质量也跟你的提示词有很大的关系。这个要说的内容很多，大家可以去看看别人的教程，比如用Chatgpt去解释代码，真的可以解释得很详细，一行行代码都可以，也可以帮助你解决你关于代码的一些疑难。

③ 阅读一些书籍：

R语言的书籍，或者生信分析相关的一些书籍，里面有的时候会有详细解释。

④ 请教精通该领域的师兄师姐，加入学术群，私聊些大佬

如果上面没有师兄师姐，亦或者既往课题组没有人学习过，你是先行者，探索者，这个可能就行不通了。亦或者加一些学术群问问题，社恐就算了（比如我）。或者可以私聊一些大佬，问问题，有些大佬空下来或心情好的时候会回答的。