生信分析套路①转录组学分析怎么做❓

生信转录组学分析是研究细胞中基因转录情况及转录调控规律的学科，是功能基因组学的重要部分。以下是进行转录组分析所需的数据及研究流程：

一、所需数据

测序数据：如RNA-seq产生的短序列数据。

样本信息表：记录样本的基本信息，如样本来源、处理条件等，用于后续的数据分析和解释。

参考基因组序列：用于将测序得到的短序列比对到参考基因组上，确定每个读段的位置和来源。这些数据可以从如ensembl等可靠的数据库网站下载。

基因注释文件：提供基因的结构和功能信息，用于对测序结果进行功能注释和富集分析。同样可以从数据库网站下载。

蛋白序列文件：在某些分析中，如lncRNA靶标预测中，可能需要用到蛋白序列数据。可数据库网站下载。

二、研究流程

数据预处理：对挖掘公共数据库得到的原始数据进行质量控制和过滤，去除低质量的读段和接头序列等。

序列比对：将处理后的序列与参考基因组或转录组进行比对，确定每个读段的位置和来源。

基因表达定量：计算每个基因或转录本的表达量，常用的指标包括FPKM（Fragments Per Kilobase of exon per Million fragments mapped）和TPM（Transcripts Per Million）等。

差异表达分析：比较不同条件下（如不同组织、疾病状态、处理组等）基因的表达差异，筛选出显著差异表达的基因。

功能注释和富集分析：对差异表达基因进行功能注释，如基因本体（GO）注释、KEGG通路分析等，以了解其参与的生物学过程和通路。

实验验证：通过qRT-PCR（定量逆转录PCR）等实验方法对部分关键基因的表达进行验证，以确保转录组分析结果的可靠性。

今天要分享的学员就是挖掘数据库做转录组学分析+实验验证研究成功发表文章的

✔接收期刊：Discover Oncology

📉IF=2.8；中科院4区SCI

📍发文方法：生信转录组学分析+实验验证