提醒一下做生信分析的姐妹,这点很致命…


本人双非医学生,研一开始学习生信分析,已发表3篇生信SCI,累计影响因子10+,成功上岸读博,纯靠笨鸟先飞。奉劝各位医学生,真的要多积累自己的科研成果,没有SCI寸步难行🤣

1️⃣生信分析是什么?医学生要学到什么程度?

生信分析,简单来说,就是基于测序数据进行分析的研究。无论是单细胞测序、全基因组测序,还是孟德尔随机化研究,只要涉及到对生物数据的处理和分析,都可以归为生信分析的范畴。

对于医学科研小白来说,可能会觉得生信分析是一个复杂而繁琐的过程,时常挣扎在“曲折道路我走不完,前途光明我看不见”的痛苦之中。但其实,对于医学生而言不是什么都学呀!

很多人沉迷于“技术”,捧一本厚厚的编程书,从头到尾学习编程…

说到底,无论是生信也好还是R语言也好,本质都是一种工具。前者是帮助我们解决临床问题的工具,后者是帮我们实现分析的工具。

就好比英语是一种帮助我们更好交流的工具,大家学英语,也是为了日常的交流,而不是专门研究语言学,也不会将每个单词的来龙去脉搞清楚。

对于生信分析和R语言也是同理,会用即可,不必把所有涉及到的所有算法编程全部弄明白。

那现在的重点就在“用”这一个字上。用到哪里?用到你想解决的问题上,以你的需求为中心,学习相关的技能。

但是,首先要我们搞清楚生信都处理些什么问题。

这样才能迅速定位自己的问题,以便针对性地学习,而不是每一次都像无头苍蝇一样到处求助。

2️⃣生信分析能做什么?

生信分析基本流程👇

  • 下载数据(数据来源:内部数据、外部数据;分子类型;实验方法→构成数据特征)
    清洗数据
    分析可视化(分析策略→表达差异、功能聚类、交互网络、临床意义→模块组合)
    文章写作

单细胞测序,其实就是针对不同细胞亚群的研究,主要用于三个方面的研究:

图谱类研究:主要就是回答一个问题,你的研究样本,具体包含哪些细胞亚群,这些细胞亚群,有哪些特异性的分子,以及有哪些特异性的生物学功能。

用于研究的发现阶段:主要发现与疾病相关的细胞亚群。

验证类研究:比如你通过其他手段,发现了一个关键分子与疾病的关系,那么你可以通过单细胞测序,看看这个关键分子在哪些细胞中表达,进而知道相关的细胞亚群与疾病的关系。后续再针对这个细胞亚群进行深入的研究。

孟德尔随机化,用一句话来概括就是利用自然界中,随机分配的基因型对表型的影响,进一步推断某型对疾病的影响。

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