先汇报第7天内容:完成机制图(figure1)、引用添加(Endnote20)、结构性语句添加(如伦理、致谢、贡献、利益说明)、论文润色 做一个小分享(认识完整的孟德尔随机化的分析方法) 一篇完整的文章需要有以下统计分析描述结果：➢ 使用TwoSampleMR包进行统计分析➢ 寻找GWAS summary数据库提取SNP以及对应的统计数值作为工具变量➢ 过滤工具变量：Steiger过滤等➢ 剔除混杂因素:phenoscanner➢ 主要使用IVW方法➢ 加权中位数和MR-Egger回归作为敏感性分析➢ 使用Cochran Q评估异质性➢ 使用MR-Egger回归的截距评估多效性和使用MRPRESSO 以上步骤就是孟德尔随机化的基础，大家可以去对照一下我昨天分享的药靶孟德尔随机化的研究思路。 ❤️注:接下来会进行更多的孟德尔相关研究挑战，会适当延长挑战时间（超级忙！！！）
学个方法有啥意义？写不出文章发不出去不是浪费时间浪费钱？快速把文章写出来投出去才是真的。至于代写代做的，这么说吧，你文章的材料和方法部分肯定是偷工减料，能省则省，少跑一半的SNP你看得出来？
其实很多工作在前面几天就已经做了，我有个习惯(分享给大家)，读文献时看到不错的句子或者观点，会粘贴进我的微信对话框，开始写discussion前就回去看一看，有时候改个语序就用啦。至于为啥这么快能写完，因为方法和结果部分一旦跑出结果，我会直接交给我的AI(chatgpt4.0)去完成，只是方法和结果部分哦，具体当然还有很多细节要注意！不要随意模仿！ 整理下药靶孟德尔随机化写作思路:(有两个，我讲我这个的思路)选定疾病(gwasieu是否有相应的Gwasid→有就可以作为备选(建议做肿瘤相关，好写好投)→提取蛋白组全部的Snp→将提取出来的工具变量(蛋白)逐一与结局变量进行MR→提炼出阳性的效应蛋白→到相关网站检索(昨天更新的图五)对应的基因和药物→后续可以补SMR和共定位→论文攥写(非常非常非常复杂，一个循环报错，可能两天就白干啦，建议新手从两样本做起，我教学也是这样循序渐进) ❤️注:明天添加refrence、制作机制图，这篇文章就成稿啦！大家下个星期想看我挑战写啥，欢迎评论区留言！！！
做分析的三天真的是一个头五个大，自从昨天跑了一整天，跑出个error之后，意识到设备不行的问题很大，就果断找了一个有两台3070的地方(酒店)跑代码这个挑战的成本陡增…不过电脑多也有好处，可以多线程工作，帮学员选题，一时间可以跑多个，然后还可以做做课程海报…电脑没歇过…人就更不能歇了。药靶孟德尔的挑战基本算是结束啦，跑出效应基因，文章还是八股文，很容易就写出来了，花不了啥时间，归根结底，还是双样本的基础，只是要跑的数据非常非常非常多，然后去网址(见图5)检索效应基因的位置和作用就行了。要投高分的话，还得补个SMR和共定位，有代码很简单的事情，只是跑出来有需要一些时间…..我现在自己发文章的需求不大，把这篇SCI写完就算挑战成功了，如果后续审稿人有要求，我再补这些…最难的是蛋白筛选…是真的费时间…刷小红薯发现大家魔怔了，都在学孟德尔，到处求资源，但说句实话，大家都在学的时候，你在学就有点迟了，很有可能给了钱，学了一堆课，但还是写不出来文章，这个学习的💰给得就没有意义… 思考一下:你到底想要什么？ 前天我问过，大部分都是求毕业，如果是毕业的话，一定要学孟德尔吗？除了双样本以外，其他的孟德尔随机化都不算简单。 求毕业有文章就够啦，黑猫白猫能抓耗子就是好猫，其实你们需要的是学习SCI写作，说白一点，就是水SCI论文，但是水论文的方式有很多很多种。 还有很多比孟德尔随机化还简单，不要蒙着眼睛走路，有时赞睁开眼睛看看….. 最近很多人来找我学习，我准备给的课表是30天创作一篇SCI(从文献阅读、选题、数据分析、论文框架、论文写作),然后再是方法学:孟德尔随机化(双样本、药靶、中介、多变量、肠道菌群…)、meta分析(RCT)、AIGC、NHANES数据库等等… 其实对于一个想顺利毕业,快速发出文章的人来说,最重要的是学习如何系统化的快速攥写一篇SCI论文，其次才是各种方法学。 今日完成:蛋白提取(4500+个工具蛋白,50000+SNP，完成药靶孟德尔随机化分析，生成森林图) ❤️注:可保存图五，为Gwas提取的网址，整理不易，祝大家早发SCI！
但既然开始了，就继续下去。 药靶孟德尔随机化主要有2个思路： 思路1:验证药物靶点(旧药新用途)参考范文:DOI: 10.1001/jamapsychiatry.2021.0005 思路2:筛选药物靶点参考范文:DOI: 10.1093/brain/awad070 我对药物和其机制认识不够深刻，果断跳过了思路1，有学药理，或者对药物有深刻认识的，可以试试思路1，最近有一篇二区的文章，很简单，非常非常非常容易模仿:Causal relationship between PCSK9 inhibitorand autoimmune diseases: a drug targetMendelian randomization study，大家可以自己去检索和学习。 目前的困境就是电脑配置太低，跑蛋白的工具变量太慢，超级影响进度，如果明天早上还没跑完的话，只能换设备或者延长挑战了。不过今天读了很多篇药靶的文章，发现文章难度不大…只要跑出了数据和图片，就可以开写！ “药物靶向MR，即采用mRNA、蛋白质或者其它下游生物标志物作为暴露，相较于其它暴露表型（吸烟、饮酒、BMI等），由于在因果链上其距离结局更近，其分析结果会更稳健。”这段话是很有意思的，揭示了药靶孟德尔的本质和它的研究方法，在常规双样本的基础上，加上SMR和共定位分析，基本就可以啦，当然更多的还可以探索，还是得首先掌握双样本孟德尔随机化。 ❤️注:小红薯的朋友们，我想提一个问题：你们做科研、写论文是为了什么?欢迎朋友们评论区回答。
前面顺利完成了一篇双样本孟德尔随机化研究，从选题、改代码、作图、写论文、制作附件和表格，投稿了二区杂志，完成了挑战。 今天开始新的挑战! 第1天:收集信息，检索关键词:“Drug target Mendelian randomization”，发现发表的都是高分杂志,有 JAMA Psychiatry(IF:25.8)、Nature Communication(IF:16.6)…，总的文章195，竞争还很小，比起孟德尔随机化的近万篇文献来说，这确实是一个蓝海。 除了检索信息，我还下载相关的近十篇高分文献，先精读，今天挑战就算开始啦！ ❤️注释:挑战时间为非工作时间，所有步骤都是现想(大家可以模仿我的科研思路)，非已有课题，主打从0开始！ 欢迎大家围观！！！