导师给的《生信分析指南》,感觉要无敌😊

生信分析入门学习步骤 阶段1:基础储备 生物学基础 复习分子生物学:DNA/RNA结构、中心法则、基因调控。 了解高通量技术原理:如测序技术(NGS)、微阵列芯片。 计算机与统计学基础 编程语言:学Python或R(优先Python,语法简单,资源多)。 重点:数据处理(Pandas)、可视化(Matplotlib/Seaborn)。 统计学:假设检验、回归分析、多重校正(医学数据常用)。 阶段2:工具与数据库 生信常用工具 数据预处理:FastQC(质控)、Trimmomatic(去接头)。 序列比对:BWA、Bowtie、STAR(RNA-seq)。 分析流程:Bioconductor(R包)、GATK(基因组分析)。 关键数据库 基因数据:NCBI(GenBank、GEO)、Ensembl、UCSC Genome Browser。 疾病相关:OMIM(遗传病数据库)、TCGA(癌症基因组)、COSMIC(癌症突变)。 阶段3:实战项目(从易到难) 入门案例 使用GEO数据集分析基因表达差异(例如:用R的limma包找差异基因)。 用KEGG/GO数据库做富集分析,解释疾病相关通路。 进阶方向 单病种研究:下载TCGA的癌症数据,构建生存分析模型。…

冲刺高分!挑战7天完成一篇CHARLS,Day 2-3

Day 2-3任务:可行性分析 数据库的挖掘,不管是哪一个数据库 最难的不是后面的数据分析 后面的数据分析过程都是一模一样的 相信师弟师妹们经过前面那么多的挑战都有了自己体会 而且我们给大家的观点是:任何方法学的内容你一定可以掌握 但是:为什么选这个选题? 大家一定要重视平时的文献阅读、记录自己的科研idea 对自己的这个想法进行可行性分析 无非就是:可操作性如何?涉及到的方法学有那些? 其实就是我去复现一篇一模一样的文章 我能不能都画出所有的Figure、做出所有的Table 这篇文献中都使用了哪些分析方法 我能不能1:1实现 方法学的内容基本可以完全复刻NHANES 无非是数据来源不一样+纵向随访 我们有能力解决任何代码问题 通过目标文献的阅读 我们发现文章主题: –基线资料表 –Kaplan-Meier曲线 –感觉障碍与新发CVD之间的关系 –亚组分析 搞清楚了我们需要什么、需要什么样的数据分析技能…

(纯干货版)图说网状Meta分析实操步骤 ❗

🟡什么是网状meta分析? 普通Meta分析是合并直接比较的结果,比如你想研究A药和B药对C疾病的治疗效果,如果有A药和B药直接对比的临床研究,那么你就可以做普通的Meta分析,直接合并这些临床研究,得到A药和B药的对比结果。但是很多时候,会缺少A药和B药直接对比的临床研究,但是有A药和C药直接对比以及B药和C药直接对比的临床研究,这样C药就是共同对照,以C药为中介,我们可以得到A药和B药间接比较的结果。 这个意思其实很好理解:三国演义大家应该都看过,对于里面的武将到底谁最厉害一直有争议,我们知道吕布跟张飞打过,三英战吕布的时候张飞单挑吕布被打败了差点挂掉,后来是关羽刘备上来救了他,而张飞跟马超也单挑过,2个人是打成了平手,马超和吕布虽然没有直接单挑过,但是我们通过张飞这个共同对手可以大概判断哪个更强,那就是吕布可能比马超要强。这就是间接比较的意思。 再举个医学的例子: 🟢RCT研究1:A药可让患者血压降低10mmHg,C药可让患者血压降低2mmHg,所以A药比C药能多降低8mmHg(dA-C) 🟢RCT研究2:B药可让患者血压降低15mmHg,C药可让患者血压降低5mmHg,所以B药比C药能多降低10mmHg(dB-C) C是A药和B药的共同对照,dA-C-dB-C=-2mmHg,所以B药相对于A药,患者平均血压能多降低2mmHg。这里举的是连续性变量,如果是二分类变量OR值就是取对数相减。 所以网状Meta分析的定义就是:基于多个研究分析两个以上干预措施之间间接比较结果或者直接比较结果与间接比较结果的合并结果(混合比较)的Meta分析。 ❓NMA到底怎么做呢? 其实跟普通的Meta分析步骤区别并不是很大,只不过展示的结果会多一些,除了直接比较的内容,你还要展示间接比较的内容。 基本步骤: 1.选题 2.文献检索 3.数据提取 4.质量评价 5.统计分析(比普通Meta分析复杂) 6.报告结果(间接比较或混合比较) 网状Meta分析概念与操作步骤 📌 什么是网状Meta分析? 普通 Meta分析 只合并直接比较的结果,类似让朋友两两PK(例如张三vs李四,李四vs王五),最终拼凑结果。 📌 问题:…

上海中医大深圳医院最新NHANES1区思路值得

⭕️文献标题 The association between novel metabolic parameters and all-cause/cardiovascular mortality in patients with metabolic syndrome is modified by age ⭕️研究背景 代谢综合征(MetS)与心血管疾病、糖尿病等密切相关,但传统胰岛素抵抗指标(如HOMA-IR)依赖胰岛素检测,成本高且不普适。 新型代谢参数: TyG(甘油三酯-葡萄糖指数) TyG-WHtR(TyG结合腰围身高比) METS-IR(胰岛素抵抗代谢评分)…

科研暂停,庆祝嫡长文诞生!👉网状Meta

双非医学研二,刚进校时老师就让学习Meta分析。 学的时候是为了早早发表一篇SCI,缓解毕业压力。 但是,当强迫自己完整跟完一个Meta项目时,才明白这几个月打下的科研基础对于小白来说太重要了! 像文献检索、文献筛选、统计分析、SCI写作、SCI选刊投稿等基础科研能力,我们上课从来不会教!需要的时候又不会,也不知道怎么学。像这样集中精力通过实践学习,个人感觉效果是最好的,只有边学边用才能学扎实。 刚开始我们对医学科研都是懵的,学Meta分析还能让你迅速了解学术语言,科研究竟是个啥玩意儿自己去搞一搞才能有深刻地认知。 总之,嫡长文的接收也给了我很大的鼓励!!终于迈出了第一步!

冲刺高分!挑战7天一篇Charls数据库!day1

全新的挑战,全新的旅程! 前面多期关于MR、GBD、NHANES等挑战反响空前 最近一直在整理CHARLS相关的资料 我们即将开始挖掘新的数据库 中国人自己的database–CHARLS数据库 和之前的代谢MR、蛋白组学MR、NHANES一样 我们给提前做了一些数据清洗的准备工作 我们也开始一期新的挑战 期待师弟师妹们能挖掘出新的paper CHARLS数据库最近有多火呢 我们进行了最简单的检索 发现发文质量普遍较高 而且还没哟老外来抢挖我们的数据 这是因为就目前而言这个数据库的挖掘程度还不够 相比较于NHANES来说普及程度还比较“弱” 那对我们来说就是极好的机会 让我们一起高效完成一篇CHARLS数据库SCI Day1任务:确定目标文献和目标期刊 大家可能对CHARLS还不是很熟悉 我们进行一个简单的介绍 CHARLS(中国健康与养老追踪调查) 旨在收集一套代表中国45岁及以上中老年人家庭和个人的高质量微观数据, 用以分析我国人口老龄化问题,推动老龄化问题的跨学科研究。 这是实际上和NHANES的调查比较类似,但是又有不同 最大的不同就是NHANES是横断面调查…

我的研究方向可以做网状Meta吗?

很多小伙伴在准备开始做Meta的时候不知道该做普通的还是网状的❓ 今天统计之光就给大家分析一下,分成了四种情况,大家可以对号入座啦!👇 多种干预措施的比较:当存在多种干预措施,且需要全面比较它们的效果时,可以使用网状Meta分析。 缺乏直接比较证据的情况:当不同干预措施之间的直接比较数据有限时,网状Meta分析可以通过间接比较来评估它们的效果。 复杂干预措施网络的比较:当干预措施之间存在复杂的相互作用和效果差异时,网状Meta分析可以构建一个复杂网络模型,以全面比较它们的效果。 临床指南制定中的证据整合:在制定临床指南时,网状Meta分析能够整合大量的研究证据,为推荐最佳治疗方案提供全面的支持。 如果觉得概念理解还是有点困难,可以看图🤭,小编我结合实际例子给大家讲解这四种适用于网状Meta的情况 网状Meta分析的实际应用 一、多种干预措施的比较 📌 案例:超重和肥胖成人的药物治疗研究 二、缺乏直接比较证据的情况 📌 案例:早产儿疼痛缓解的多感官干预措施研究 三、复杂干预措施网络的比较 📌 案例:心血管疾病治疗药物的网状Meta分析 四、临床指南制定中的证据整合 📌 实际应用:临床指南的制定 📌 结论:为什么要学习网状Meta分析? ✅ 适用于多种干预措施比较:当不同治疗方法缺乏直接对比数据时,网状Meta分析提供了更全面的比较依据。✅ 能同时评估疗效和安全性:对于涉及多种药物或治疗方法的研究,网状Meta分析可以帮助找到最佳方案。✅…

引爆外网🔥他在医学界真的配享太庙!

优秀的医学生往往都是:专业基础知识扎实+英语水平高,除了国内的一些优质资源,养成看外文教学视频的习惯,不仅能帮你夯实专业技术知识,还能养成英语学习的好习惯,长此以往,你不优秀谁优秀?? 今天给大家推荐一个最近在油管上爆火的印度老哥——Ninja nerd。他有多火呢,火到有人做Ninja Nerd的跟学视频都会有几十万的播放量。  他的视频下面很多都是考前临时抱佛脚的学生,妄图用一个二十分钟的视频解决一个医学难题……结果还真能解决。 🔥为啥这么突然爆火? 因为在他的课程里,三个人,一块白板,就能把全身所有系统,包括生理生化都讲透彻了,而且还十分形象,具体,细致,还会结合临床,口音很轻,语速很慢,非常适合新手上路。美国执照考试USMLE step1 first aid 也推荐了他的课程,可想而知其含金量。 💡浏览器搜索Ninja nerd即可找到其官方网站,查看所有教学资源。网站上提供了20%的免费资源和80%的会员订阅资源,搭配上沉浸式翻译插件,实现双语学习,体验非常不错。会员订阅三个月50美刀,可以看到最新最全面的内容,有条件的小伙伴可以冲一波正版支持大佬。

昨晚第十八期第一节课好评如潮~以SCI产出为核心的实践训练营(成稿率100%,满意度100%)

全是学了立马能用的真本事,学会了至少为接下来的科研节约85%的时间~光速科研 开营第一天开始指导师妹选题,安装代码包跑代码解决bug.手把手教学、保姆式服务~不止带着选题、数据分析、写作,更教会师妹师弟选题、数据分析、光速写作~2025.3.02光速科研~第一节直播课后师妹师弟反馈~(远程指导手把手带教~) 随意一节课,都可以帮助师妹师弟们提高十倍科研效率,学到新东西~ 选题、跑代码(分析)、写作、润色、投稿选刊、返修,全流程,手把手教学~光速科研~每个步骤都会手把手帮助师妹师弟,直到论文接收~今日可插班在课题组助教、代码助教指导下完成直播课学习~