本期王师兄带来了前段时间医学科研圈重磅话题-孟德尔随机化分析 这次将揭开孟德尔随机化这面神奇面纱，带领大家走进孟德尔随机化分析的世界！ 孟德尔随机化（Mendelian randomization，简称MR）是一种基于全基因组测序数据（GWAS数据），利用单核苷酸多态性，即SNP作为工具变量并揭示因果关系的新型流行病学方法。 如今的孟德尔随机化分析被称为下一个Meta分析，同样是不用做实验就能发的sci类型如果你也想发孟德尔随机化sci文章，可以后台私信我们，师兄带你一路打老虎 欢迎联系我。
代码包优化完整，边界条件提示等都有对应的中文提示，大家可以自行判断。没法判断的报错，请截图找咨询的老师，截图要全面，不要只截一小部分，方便判断问题。 注意1：没有直接赋值的字符串，请用双引号括起来，否则语法错误（”字符串内容”）！！！只要不是数值，或者你自己声明的变量，都是字符串类型，都要加双引号什么是自己声明的变量？ a=1 这样a就是你自己声明的数值为1的变量注意2：把本地文件的文件名尽量改短，且不要有空格，避免文件名过长过复杂，R语言抽风注意3：R4.3以上，对中文路径或者文件名不是很兼容，容易抽风识别不了，请改成英文。 欢迎联系我。
MendelR包的各种方法，里面共同的参数定义说明： p1 挑选与暴露相关的SNP 默认 5e-8(不要大于1e-5)p2 过滤与结局相关的SNP 默认 5e-5rm_snps 过滤混杂 F值 离群值 需要去除的SNPrun_presso 是否打开MRPRESSO分析r2 连锁不平衡 （不要大于0.3，越大越宽松）kb 连锁不平衡(不要小于100，越小越宽松)local_clump 是否打开本地clump 关于T和F的取值，就相当于是或否的意思，即代表一个开关T=TRUEF=FALSE跑mr分析最好保持默认的条件，最严格的筛选显著的p值，以及去除连锁不平衡需要放宽的，一般是没有足够的snp，做不了mr分析，这时候要去放大p1值，纳入更多的暴露工具变量，适当调整r2和kb，减少连锁不平衡去除的snp优先级p1>r2=kb>p2如果是阴性结果，我们要求选题必须要有明确的临床意义，去讨论结果，以及要把文章写好，否则直接舍弃 怎么加参数？增加参数格式，参数名=具体数值，如果是字符串（非纯数字类型），则需要增加双引号。 欢迎联系我。
来自血细胞联盟Blood Cell Consortium（BCX）的六种白细胞可以正反向分析 注意使用该数据，需要引用数据Trans-ethnic and Ancestry-Specific Blood-Cell Genetics in 746,667 Individuals from 5 Global Populations, Cell 2020自己按需修改正向分析的结局，和反向分析的暴露即可可兼容在线数据ID(最好下载到本地，开启local_clump=T)，或者本地GWAS数据，可一键分析出所有结果以上方法需要更新到最新版本执行mr_update()更新即可 欢迎联系我。
在做孟德尔分析的过程下，下载下来的文件格式多种多样，但其实就是两大类一种是二进制格式的文件，这种格式包含各种压缩文件，以及需要对应软件才能打开的文件，比如excel二进制文件需要使用特定软件打开才能正确读取里面的数据在R语言里面也可以使用一些特定代码进行读取，但是不推荐因为除了在R语言里面才看到数据的信息，不利于数据的预处理，以及表头的确认一种是纯文本文件。 纯文本文件的格式多为.txt .tsv .csv也有可能不带任何的后缀，文本文件类型和后缀不是强关联（所有的文件类型其实和文件后缀都无关，文件后缀只是辅助用户判断是个什么文件）（后缀改变不会改变数据的格式，就算把后缀扩展名删了也一样，这个还可以随意改，只要能用文本软件打开且没有乱码，就是文本文件）实际的数据分割符，要打开来查看，一般常见的分隔符就是制表符\t，csv常用的逗号分隔符, 空格分割符等 欢迎联系我。
注意大小写要完全一致！！！注意大小写要完全一致！！！注意大小写要完全一致！！！ SNP：rsid号(rs123456这种，没有的话查看课程中转换risd的方法)effect allele：等位基因 A1（alt–effect allele–A1）具体要确认GWAS的数据描述，一般就是这样other allele：次要等位基因 A2eaf :主要等位基因频率（不一定要有，主要影响harmonise，和计算F值）eaf=effect allele frequency = freq = alt_AF(allele frequency)beta：beta效应值 = log(or) (别名effcet、b、beta)反正就是当前位点的效应值（odds ratio 对应or值，可以转换成beta）se：针对效应值的标准误（standard error）pval：统计学p值以上是大部分GWAS数据表头规律，正常判断需要结果数据下载时候的提供的描述确认，这个描述在下载的地方或者文章中提供，一般是readme文件，请确认好。总之，表头不能靠猜。 欢迎联系我。
工作目录设置有很多种方法，本文介绍最常见的几种方法为什么设置工作目录？ 为了让代码执行时，从当前工作目录开始找数据，输出的结果也在工作目录，代码中的相对路径是以工作目录为起始去找对应的文件的（除非自己会弄绝对路径）总之要明确工作路径，不然会提示找不到文件。 欢迎联系我。
打开大数据文件需要使用EmEditor提示不能使用，或者不能正常选择分割符的时候，可以去百度搜一个EmEditor激活码升级，已经激活好的忽略。 Emeditor可以做很多数据操作，是个神器，可以减少代码操作，最大程度减轻医学生的代码压力。一、安装与激活安装完成后打开安装步骤，输入激活码激活DMAZM-WHY52-AX222-ZQJXN-79JXH能够正常使用分隔符内容，就算激活彻底完成需要放到代码中分析，请参照模板SNP的表头格式，修改表头二、拆分合并列注意：右键点击的位置一定要颠倒有序号的那一行的位置，填入的分割符号，一定要是英文的。拆分的话，选中需要拆分的列，右键选择拆分列按照实际的分割符拆分，其他都不用管，点确定。合并列也同理，选中多列后，选择合并列确定连接的字符，点确定即可，其他不用管三、选中筛选右键选中空白的，或者需要筛选的字符，选择筛选。 欢迎联系我。